Es el año 16 de la era Meiji. Han pasado cinco años desde que Kenshin Himura detuvo el levantamiento de Makoto Shishio. Aunque las llamas de su revolución se extinguieron, las cicatrices que dejó su estela aún se sienten en todo Japón. Todavía existen restos de su grupo, aunque dispersos. Algunos han encontrado la paz, mientras que otros siguen luchando. Después de que una facción restante intentara revivir la revolución, la vieja espada de Shishio cayó en manos de Ashitarou Hasegawa, un niño huérfano que nunca ha tenido un hogar. El conflicto también deja a Aran Inoue, un chico de 16 años medio japonés y medio americano, y a una chica mercenaria llamada Asahi Kubota sin ningún otro lugar al que ir. Pero, por suerte para estos individuos, el dojo Kamiya siempre ha sido un lugar que acepta a los vagabundos sin hurgar en sus pasados.