La historia sigue a un equipo de mercenarios conocido como Lagoon Company, que se dedica al contrabando de mercancías en los mares del sudeste asiático. Su base de operaciones se encuentra en la ciudad ficticia de Roanapur, en Tailandia, y transportan las mercancías en el barco PT Black Lagoon. La compañía Lagoon hace negocios con varios clientes, pero tiene una relación especialmente amistosa con el sindicato criminal ruso Hotel Moscow. El equipo lleva a cabo diversas misiones -que pueden incluir violentos tiroteos, combates cuerpo a cuerpo y batallas náuticas- en varios lugares del sudeste asiático.