La historia nos trae a: Maka Albarn, Death The Kid y Black Star; tres jóvenes estudiantes de Shibusen (siglas para «Escuela Vocacional para Técnicos y Armas de Shinigami» en japonés) que deben estudiar día a día para llegar a graduarse como Técnicos de Guadaña Mortal y Filo Demoníaco, capaces de dar sentencias de muerte a humanos que se han desviado del buen camino. Cada alumno (o «Maestro»/»Técnico»), está acompañado de su respectivo compañero que puede transformarse en un arma: Soul «Eater» Evans, Tsubaki, Lizz y Patty Thompson. Juntos, deben lograr devorar 99 almas de humanos malvados y la de una bruja, para que sus armas reciban el título de «Guadañas de la Muerte» y puedan graduarse.