En Yuragi-sou no Yuuna-san, Kogarashi Fuyuzora es un joven exorcista que ha sido perseguido por espíritus desde su infancia. Después de múltiples intentos fallidos de vivir una vida normal debido a sus encuentros sobrenaturales, Kogarashi termina sin hogar y en busca de un lugar donde establecerse. Su suerte parece cambiar cuando descubre la Yuragi-sou, una antigua posada de aguas termales que ahora funciona como casa de huéspedes con una renta sorprendentemente baja. Sin embargo, la razón del bajo costo radica en que el lugar está embrujado por el espíritu de una joven estudiante que murió allí hace años.

Decidido a enfrentarse al fantasma y recuperar algo de tranquilidad, Kogarashi se muda a la Yuragi-sou con la esperanza de exorcizar al espíritu y resolver su problema de vivienda. No obstante, al encontrarse con el fantasma en las aguas termales, descubre que no es una entidad malvada como pensaba, sino una simpática chica de cabello plateado llamada Yuuna. En lugar de ahuyentarla, Kogarashi decide ayudar a Yuuna a resolver sus asuntos pendientes para que pueda descansar en paz antes de convertirse en un espíritu maligno.

Así comienza la vida de Kogarashi en Yuragi-sou, rodeado de residentes excéntricos y sobrenaturales, y acompañado por Yuuna, quien se convierte en su inesperada aliada en la búsqueda de sus propios recuerdos. A lo largo de la serie, el protagonista no solo enfrenta situaciones cómicas y aventuras fantásticas, sino que también se sumerge en el pasado de Yuuna y sus misteriosos residentes. Yuragi-sou no Yuuna-san combina acción, romance y comedia en una historia encantadora sobre redención, segundas oportunidades y la convivencia con lo sobrenatural.