En Bungou Stray Dogs, Atsushi Nakajima, un joven al borde de la desesperación tras ser expulsado de su orfanato, se enfrenta a un futuro incierto, sin comida ni refugio. En su momento más oscuro, su vida cambia drásticamente cuando rescata a Osamu Dazai, un enigmático hombre que estaba intentando ahogarse. A pesar de las objeciones de su compañero, Doppo Kunikida, Dazai le ofrece a Atsushi una comida y le revela que ambos son miembros de la Agencia de Detectives Armados, un grupo de personas con habilidades especiales dedicadas a resolver crímenes que las autoridades comunes no pueden manejar.

Pronto, Dazai y Kunikida solicitan la ayuda de Atsushi para capturar a un tigre sobrenatural que ha estado sembrando el caos en la ciudad. A pesar de sus dudas, Atsushi se une a ellos y, tras resolver el caso, Dazai le ofrece unirse oficialmente a la agencia. Sin embargo, lo que parece ser una simple oferta laboral, pronto se convierte en algo mucho más peligroso. La Port Mafia, una organización criminal local, comienza a hacer sus movimientos, y Atsushi se encuentra atrapado en medio de una feroz guerra entre facciones.

Mientras se adapta a su nuevo entorno, Atsushi descubre que tiene una habilidad especial que deberá dominar si quiere proteger no solo a sus nuevos amigos, sino también a la ciudad entera. En Bungou Stray Dogs, la lucha por la supervivencia se mezcla con enfrentamientos sobrenaturales y una trama llena de intriga, donde cada personaje tiene un pasado oscuro y una habilidad única que define su lugar en un mundo lleno de peligros.