Baki Hanma, que se siente satisfecho con su título de «Chico más fuerte del mundo», pasa sus días en una nebulosa de aburrimiento. Tras resolver por fin la disputa con su demoníaco padre Yuujirou, Baki defiende su título en la Arena Subterránea de Kourakuen mientras ahoga los bostezos provocados por la facilidad con la que derrota a sus retadores. Los amigos y mentores de Baki también luchan con esta nueva y pacífica inmovilidad, completando grandes hazañas de entrenamiento de fuerza con poco entusiasmo. Pronto, Japón se ve sacudido por la revelación de un experimento científico largamente gestado que da como resultado la clonación exitosa del legendario samurái Musashi Miyamoto. El afamado guerrero disfruta probando su fuerza contra Baki y otros iconos de la lucha en Tokio, pero le cuesta asimilar la era moderna. Miyamoto se aferra a sus antiguos ideales de honor y duelo a muerte, una filosofía que choca con el presente más tranquilo. Cuando el espadachín resucitado intenta ascender a la cima de esta sociedad desconocida abriéndose paso entre los amigos de Baki, se encuentra en curso de colisión con el vengativo adolescente. Baki acepta esta emoción y se enfrenta a su nuevo rival.