En el año 1853, el comodoro Mathew Perry, a instancias del Sacro Imperio Británico, exige que el Shogun Tokugawa abra las fronteras de Japón al mundo. El Shogun se niega, por lo que Perry usa su poder sobrenatural de obediencia absoluta conocido como «Geass» para forzar el cumplimiento. Desde entonces, las naciones extranjeras han explotado a Japón y han redesignado la colonia británica del Área 11. Sin embargo, la organización terrorista conocida como Black Revolution trabaja para liberar a Japón del dominio opresivo de Britannia. Encabezando este esfuerzo está Lelouch Lamperouge, un niño que lleva una doble vida como comandante británico y líder de la Revolución Negra bajo el alter ego Zero.