Lelouch Lamperouge es un estudiante que vive en el Área 11, la tierra que una vez fue conocida como el país de Japón. En 2010, la pequeña nación insular fue invadida y despojada de su identidad por el poderoso Sacro Imperio Británico. Después de presenciar el accidente de un avión de transporte militar, Lelouch se adentra en medio de un área restringida para investigar los restos. Su viaje se ve interrumpido cuando los soldados británicos que patrullan amenazan con ejecutarlo por allanamiento de morada. Afortunadamente, lo salva el único superviviente del accidente: una misteriosa mujer llamada CC a quien encontró confinada en la carga del avión. Ella le otorga a Lelouch el poder de Geass, una habilidad sobrenatural que exige la obediencia absoluta de aquellos sobre los que se usa, haciendo que sus órdenes sean incuestionables.