En un futuro distante, la humanidad ha creado ciudades fortificadas llamadas Plantaciones, que funcionan como refugio para las personas, pues el suelo de la Tierra está arruinado. Dentro de estas ciudades futuristas, niños y niñas son entrenados para pilotar robots gigantes llamados Franxx, sin saber nada del mundo exterior. Estos jóvenes pilotos son conocidos como «parásitos» y son enviados a misiones a bordo de los Franxx para combatir a misteriosos enemigos llamados Klaxosaurios. Sin embargo, esta lucha oculta un problema aún mayor.