La historia tiene lugar en una ciudad japonesa común, la ciudad de Fuyuki. Oculto de la sociedad, ha habido una guerra mortal en esta ciudad. Siete hechiceros conocidos como «Maestros» convocan a un poderoso familiar llamado «Sirvientes» y todos luchan entre sí hasta el último. Se dice que el último alcanza el Santo Grial que les concederá un deseo. Solo unos pocos saben cuándo comenzó esta Guerra y qué es el Santo Grial, pero la guerra estaba a punto de comenzar nuevamente este año. El personaje principal es Emiya Shirou, quien perdió a sus padres en un incendio y fue adoptado por un hombre que se hacía llamar hechicero. Admirando a su padrastro, se ha estado entrenando para ser hechicero. Sin embargo, no tenía talento y apenas podía usar un tipo de hechicería. Su padrastro ya falleció y hoy es un hechicero sin habilidades ni conocimientos. Él se involucra en la Guerra del Santo Grial cuando accidentalmente convoca a Saber, quien se dice que es el sirviente más fuerte de todos …