En un futuro en el que Japón lucha por combatir su baja tasa de natalidad, el gobierno japonés implementa la «Ley Yukari»: un sistema de emparejamiento basado en la compatibilidad genética para niños que han cumplido 16 años. Aclamada como «Los hilos rojos de la ciencia», es una política bien aceptada, que promete una vida plena a quienes cumplen y penaliza a quienes desafían. Casi 16 años, el tiempo es corto para Yukari Nejima. Decide confesarse a la chica que le gusta, la bella y popular Misaki Takasaki, a quien le ha gustado durante los últimos cinco años. Para su sorpresa, Misaki corresponde a sus sentimientos. Pero justo cuando la pareja comparte un momento íntimo, Yukari recibe su aviso del gobierno. Se casará con su compañera asignada por el gobierno, la franca Ririna «Snooty» Sanada, y ahora se verá arrojado a un mundo de amor y mentiras, mientras se aferra desesperadamente a sus sentimientos.