La historia de Steins;Gate tiene lugar en Akihabara y trata sobre un grupo de amigos que han logrado personalizar su microondas en un dispositivo que puede enviar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diferentes experimentos, una organización llamada SERN que ha estado haciendo su propia investigación sobre viajes en el tiempo los rastrea por lo cual los personajes deben encontrar una manera de evitar ser capturados por ellos.