En «Houseki no Kuni», el mundo ha sido transformado drásticamente tras el impacto de seis meteoritos, que dejaron un único territorio habitado por seres cristalinos conocidos como los Lustrous. Estos 28 seres, nacidos de las profundidades del océano después de milenios de evolución, deben enfrentarse constantemente a los Lunarians, seres misteriosos que descienden de las lunas y buscan capturar los cuerpos de los Lustrous para usarlos como adornos preciosos.

La historia sigue a Phosphophyllite, o «Phos», una gema joven que, a pesar de estar a punto de cumplir trescientos años, es considerada la más frágil y torpe de todas. Mientras los demás Lustrous tienen roles claros en la defensa contra los Lunarians, Phos se encuentra luchando por encontrar su propósito en este mundo lleno de belleza y peligro. La incapacidad de Phos para contribuir en las batallas y su fragilidad innata lo convierten en una figura vulnerable y marginada entre los demás, pero su determinación por ser útil no se apaga.

Conforme avanza la trama de Houseki no Kuni, Phos descubre que el verdadero poder y valor no siempre se reflejan en la fuerza física, pero sí en la capacidad de aprender y transformarse. Sin embargo, esta búsqueda de un propósito los llevará por un camino oscuro, lleno de sacrificios, donde comprenderán que cada avance en la lucha contra los Lunarians tiene un costo que podría destruir más que su propio cuerpo. El manga se adentra en temas filosóficos sobre la identidad, la transformación, y el sacrificio, envolviendo a los lectores en un relato de fantasía visualmente impactante y emocionalmente profundo.