En Tongari Boushi no Atelier, Coco, una joven hija de una humilde costurera, ha vivido fascinada por la magia desde que era niña, a pesar de las estrictas normas que los brujos imponen para ocultar sus métodos del público. Coco siempre soñó con la posibilidad de realizar hechizos, pero pensaba que la magia estaba fuera de su alcance. Sin embargo, su vida da un giro inesperado cuando, por accidente, presencia al hábil mago Qifrey lanzando un hechizo y descubre que un libro de ilustraciones, que ha amado desde siempre, es en realidad un grimorio mágico disfrazado.

Llena de entusiasmo, Coco comienza a probar algunos de los hechizos del libro, pero un desafortunado incidente ocurre en su hogar. Un hechizo sale terriblemente mal, poniendo en peligro a quienes la rodean. Afortunadamente, Qifrey interviene a tiempo para salvarla, y viendo el potencial innato de Coco, decide tomarla como su aprendiz. La joven ahora se embarca en un viaje para aprender las artes mágicas, pero también descubre que hay oscuros secretos en el mundo de la magia, como la existencia de los Brimmed Caps, un grupo hereje que realiza peligrosos experimentos con magia prohibida y altera cuerpos humanos.

Bajo la tutela de Qifrey, Coco no solo deberá mejorar sus habilidades mágicas, sino también aprender a trabajar en equipo con otros aprendices. A medida que avanza en su formación, se enfrentará a desafíos tanto mágicos como emocionales, mientras el peligro de los Brimmed Caps sigue latente en las sombras. Tongari Boushi no Atelier es una historia de descubrimiento, crecimiento y el poder que tienen los sueños, envuelta en un mundo lleno de hechizos y misterios.