En Kimi no Koto ga Daidaidaidaidaisuki na 100-nin no Kanojo, Rentarou Aijou, tras graduarse de la escuela secundaria, ha sufrido 100 rechazos amorosos consecutivos. Desesperado por cambiar su suerte, visita un santuario de emparejamiento y reza con la esperanza de encontrar, por fin, una novia durante su etapa en la preparatoria. Sorprendentemente, el dios del santuario aparece y le promete que conocerá a 100 almas gemelas a lo largo de su vida en la escuela secundaria.

Aunque al principio Rentarou es escéptico, pronto se da cuenta de que las palabras del dios son ciertas cuando conoce a Hakari Hanazono y Karane Inda, dos chicas que se le declaran el mismo día en que las conoce. Sin embargo, hay un pequeño detalle que el dios olvidó mencionar: si alguna de sus almas gemelas no consigue establecer una relación romántica con él, ¡morirá!

Ahora, atrapado en una situación de vida o muerte, Rentarou toma la inesperada decisión de salir con todas sus almas gemelas. Con un corazón lo suficientemente grande como para amar a 100 novias, Rentarou enfrenta los desafíos de su inusual vida escolar mientras su «familia» de novias continúa creciendo.

Kimi no Koto ga Daidaidaidaidaisuki na 100-nin no Kanojo mezcla comedia, romance y situaciones disparatadas en una historia donde el protagonista debe equilibrar su vida escolar con un complejo y exagerado romance polígamo. Rentarou, con un corazón lleno de amor y bondad, descubre el valor de cada una de sus novias y lucha por mantenerlas vivas, creando un lazo irrompible con ellas mientras navega por el caos que este extraño destino le ha impuesto.