Kafka Hibino, un hombre de 32 años, no está satisfecho con su trabajo como barrendero. Desde muy joven, ha aspirado a unirse al Cuerpo de Defensa y matar kaijuus para ganarse la vida. Sin embargo, después de algunos intentos fallidos, renunció a sus sueños y se resignó a la mediocridad que le proporcionaba un sueldo decente. Sin embargo, cuando un ambicioso recluta de 18 años llamado Leno Ichikawa se une a su equipo de limpieza, Kafka recuerda una vez más su deseo de unirse al ejército. Después de una cadena de eventos desafortunados y una interacción con el joven barrendero, Kafka se encuentra con un kaijuu de tipo parásito que se abre paso a través de su boca, convirtiéndolo en un monstruo humanoide. Con sus nuevos poderes, Kafka tiene como objetivo darle un último intento a su sueño de toda la vida.