En Fairy Tail 100 Years Quest, los protagonistas Natsu Dragneel, Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet, Wendy Marvell, y los exceeds Happy y Charlés se embarcan en una misión que ha quedado sin cumplir por más de un siglo. Después de un año desde su victoria sobre Acnologia y Zeref, el equipo de Fairy Tail recibe el desafío más grande hasta la fecha: completar la 100 Years Quest. La misión consiste en sellar a los Cinco Dioses Dragón, criaturas tan poderosas que podrían causar la destrucción del mundo si no son detenidas.

La misión los lleva al continente de Guiltina, un lugar repleto de peligros y misterios. Mientras el equipo se enfrenta a poderosos enemigos y obstáculos, una nueva amenaza emerge en forma de un oscuro gremio llamado Diabolos. Este gremio ha centrado su atención en los Dioses Dragón, lo que complica aún más la ya peligrosa misión de Natsu y sus compañeros. Pero no solo Diabolos representa un problema, ya que dentro del propio gremio de Fairy Tail, una nueva recluta llamada Touka, que aparenta ser una entusiasta y energética maga, oculta un secreto que podría poner en riesgo a todo el equipo.

Con su amistad y poder como base, el equipo de Fairy Tail se adentra en un viaje lleno de retos y sorpresas. Fairy Tail 100 Years Quest no solo expande el mundo de Fairy Tail, sino que introduce nuevas dinámicas entre los personajes, mientras enfrentan desafíos más grandes que nunca. La trama ofrece combates épicos, magia increíble y revelaciones inesperadas, manteniendo el espíritu aventurero que ha caracterizado a la serie original.