«Jibaku Shounen Hanako-kun» nos transporta a la Academia Kamome, una escuela famosa por los rumores sobre fenómenos sobrenaturales, conocidos como los «Siete Misterios». Uno de los más populares es la leyenda de Hanako-san, el fantasma de una joven que habita el baño de chicas en el tercer piso del antiguo edificio de la escuela. Se dice que Hanako-san puede conceder cualquier deseo a quien la invoque. Sin embargo, cuando Nene Yashiro, una estudiante de primer año de secundaria, la invoca con la esperanza de obtener ayuda amorosa, el fantasma que aparece ante ella es, sorprendentemente, un chico llamado Hanako-kun.

Hanako-kun le informa que no posee objetos mágicos que puedan cumplir su deseo, lo que deja a Nene frustrada. En su desesperación por atraer la atención de su enamorado, Nene toma una decisión impulsiva que la lleva a ingerir una escama de sirena, transformándose en un pez como consecuencia. Hanako-kun acude en su rescate y, al salvarla, ata sus destinos para siempre. Como compensación, Nene se convierte en la asistente de Hanako-kun, lo que la arrastra al mundo sobrenatural de los «Siete Misterios».

A lo largo de la historia, Nene descubre que los rumores sobre los Siete Misterios esconden secretos mucho más profundos de lo que parecen a simple vista. «Jibaku Shounen Hanako-kun» combina elementos de comedia, misterio y lo paranormal, ofreciendo una narrativa fascinante llena de giros inesperados y personajes encantadores. La dinámica entre Nene y Hanako-kun se convierte en el núcleo de esta historia, mientras exploran juntos el mundo oculto que rodea la Academia Kamome.