En «Kaoru Hana wa Rin to Saku», dos mundos completamente distintos se entrelazan cuando Rintarou Tsumugi, un estudiante de la conflictiva Chidori Public High School, se cruza con Kaoruko Waguri, una alumna de la prestigiosa Kikyo Private Academy. Aunque ambas escuelas están una al lado de la otra, sus estudiantes viven en realidades opuestas.

Mientras Kikyo es conocida por su impecable reputación y alberga a jóvenes de familias adineradas, Chidori tiene fama de ser un refugio para estudiantes problemáticos. La animosidad entre ambas instituciones es palpable, lo que hace que cualquier interacción entre sus alumnos sea prácticamente imposible.

Rintarou, a pesar de su apariencia intimidante, lleva una vida tranquila, satisfecho con su círculo de amigos y su trabajo ocasional en la pastelería familiar. Sin embargo, todo cambia cuando conoce a Kaoruko en su tienda. Aunque ella inicialmente parece huir de él, al día siguiente se disculpa y le aclara que no fue por su aspecto, sino por otras circunstancias. Sorprendido por su actitud amistosa, Rintarou comienza a desarrollar una amistad con Kaoruko, quien, a diferencia de sus compañeros, no lo juzga por su apariencia y lo ve como una persona amable y confiable.

Pero esta relación incipiente enfrenta un gran desafío: Kaoruko pertenece a Kikyo, una escuela que desprecia a los estudiantes de Chidori. A medida que su amistad florece, ambos deben lidiar con las diferencias entre sus mundos y las expectativas de sus compañeros. «Kaoru Hana wa Rin to Saku» explora los obstáculos que surgen cuando dos personas de entornos opuestos intentan conectar, destacando la importancia de la amistad, la aceptación y la superación de los prejuicios.